1、工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，如何确定竣工时间？

以转移占有工程之日为竣工日期。

2、承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，如何认定竣工时间？

发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期。

3、当事人能否以竣工验收未经政府建设主管部门备案为由，否认工程已经竣工验收？

不能。竣工验收指的是发包人收到承包人的竣工验收申请报告后，组织设计、监理、施工等单位，依照国家有关法律、法规及工程建设规范、标准的规定，对工程是否符合设计文件要求和合同约定的各项内容进行检验，并评价工程是否验收合格的过程。工程竣工验收合格后，建设单位向行政主管部门备案是行政监管需要，是否备案不影响工程竣工验收结果。